Havgaarden er opført i 1825 og i 1915 etablerede restauratørfamilien Ziebe en pension på ejendommen. Omkring 1920 valgte de at udstykke gårdens jorde til 80 sommerhusparceller. Det var deres mulighed for at overleve og lave en rentabel pensionatsvirksomhed.
Tiden var imidlertid ikke gunstig for den type virksomhed, og Havgaarden måtte i de efterfølgende årtier skifte ejere mange gange. I 1947 tog Johanne og Niels Nørgaard over. I 1965 blev der etableret restaurant og selskabslokaler.
I løbet af 60’erne blev det sværere at drive sommerpensionat i Danmark, for nu ville danskerne med Spies og Tjæreborg på charterferie. I 1989 overtog Lily og Claus Wiegandt Larsen stedet, og de fik blandt andet tilbygget pavillonen, som i dag udgør restauranten, og byggede også den nordlige længe med otte ekstra værelser.
I 2006 blev Havgaarden opkøbt med det formål at lave timesharelejligheder. Men af flere årsager faldt det til jorden, og Havgaarden levede en omtumlet tilværelse med skiftende forpagtere, indtil Pia & Alex købte stedet, og førte det tilbage som Havgaarden.
I starten af 2024 overtog hotelfolkene Martin P. Kraunsøe og hans partner Rasmus de Wolff driften af hotellet og restauranten. I slutningen af 2024 overgik driften af Badehotellet Havgaarden igen til Pia og Alex, som nu står for at byder alle gæster hjertelig velkommen.
Badehotellet Havgaarden har åben for selskaber og konferencer hele året.